O Departamento de Protecção Vegetal (DPtV) é constituído por três secções académicas: Fitopatologia, Entomologia e Herbologia (Figura 4). Actualmente, apenas a Secção de Entomologia possui um chefe nomeado, estando as demais secções sem chefia devido a processos administrativos em curso. O departamento dispõe de laboratórios de ensino, incluindo a Entomoteca e o Laboratório de Microbiologia, bem como laboratórios de investigação, ensino e extensão, nomeadamente Laboratório de Controlo Biológico, Laboratório de Fitopatologia, Laboratório de Microbiologia e Laboratório de Entomologia. Encontra-se ainda em fase de criação a Clínica Fitossanitária. O departamento desenvolve actividades de ensino, investigação aplicada e extensão universitária, com enfoque no diagnóstico e controlo de pragas e doenças das plantas e na aplicação de técnicas de manejo integrado e fitossanitário.