A FAEF integra cinco Departamentos Académicos, designadamente: Engenharia Rural (DER), Produção Vegetal (DPdV), Protecção Vegetal (DPtV), Economia e Desenvolvimento Agrário (DEDA) e Engenharia Florestal (DEF). Dispõe de três centros de investigação, extensão e prestação de serviços institucionalizados, nomeadamente o Centro Agro-Florestal de Machipanda (CEFLOMA), o Centro de Ensino e Desenvolvimento Agrário de Sábiè (CEDAS) e o Centro de Estudos de Agricultura e Gestão de Recursos Naturais (CEAGRE). Encontra-se igualmente em fase de estabelecimento o Centro de Desenvolvimento de Zonas Áridas (CEDZA), sediado em Mabalane. A Faculdade alberga ainda o Centro Internacional para a Economia e Governação da Água (IWEGA).

O quadro de direcção e chefia da FAEF é constituído pelos seguintes membros:

Direcção da Faculdade:

• Director da Faculdade: Prof. Doutor Ernesto Uetimane Júnior, Eng.
• Director-Adjunto para a Graduação: Doutor Narciso Fernando Bila, Eng.
• Director-Adjunto para a Pós-Graduação: Doutora Sílvia Natal David Maússe Sitoe, Enga.
• Director-Adjunto para Investigação e Extensão: Doutora Laura da Graça José Canhanga, Enga.
• Administrador: Prof. Doutor Alfredo Bernardino Júlio da Costa Nhantumbo, Eng.

Chefes de Departamentos Académicos:

• Departamento de Protecção Vegetal: Chefe interino do Departamento Doutora Laura da Graça José Canhanga, Enga.(sem chefe de departamento)

• Departamento de Produção Vegetal: Doutor Arsénio Ndeve, Eng.
• Departamento de Engenharia Rural: Doutora Sandra Salvador Inguane Chemane, Eng.
• Departamento de Engenharia Florestal: Mestre Estevão Eduardo Chambule, Eng.
• Departamento de Economia e Desenvolvimento Agrário: Doutor Arsénio Arão  Jorge, Eng.

Chefes de Departamentos Não-Académicos:

• Departamento de Planificação e Qualidade: Prof. Doutor Amindo Cambule, Eng.
• Departamento de Registo Académico: Lic. Elvira Joaquim
• Departamento de Administração e Finanças: Lic. José Flávio Pires
• Departamento de Tecnologias de Informação, Comunicação e Biblioteca: Lic. Tânia Semente

Chefes de Centros:

• Centro Agro-Florestal de Machipanda: Lic. Manuel Nhagumbo
• Centro de Ensino e Desenvolvimento Agrário de Sabié: Sr. Víctor Magaia
• Centro de Estudo de Agricultura e Gestão de Recursos Naturais: Mestre Manuel Pedro Matsinhe, Eng.
• Centro de Desenvolvimento de Zonas Áridas (em fase de criação)

Directores de Cursos de Licenciatura:

• Engenharia Agronómica: Mestre Francisco Munguambe, Eng.
• Engenharia Florestal: Lic. Amélia David Muchanga Mugabe
• Agroeconomia e Extensão: Mestre Felita Júlio
• Engenharia Rural: Doutor José Alcebíades Ernesto Hlunguane
• Ciclo Prático/Estágio: Mestre Emanuel Malai, Eng.

Directores de Cursos de Mestrado:

• Desenvolvimento Rural: Prof. Doutora Nícia Giva, Enga.
• ⁠Maneio e Conservação da Biodiversidade: Doutora Faura Amade.
• Ciências Florestais: Doutora Faura Amade.
• Produção Vegetal: Chefe Interino do Dept (sem director de curso)
• Protecção Vegetal: Prof. Doutor Domingos Cugala, Eng.
• ⁠Economia Agrária: Doutor Meizal Popat, Eng.
• Gestão de Solos e Água: Chefe interino do DER (sem director de curso)
• ⁠Tecnologia e Processamento da Madeira: Prof. Doutor Andrade Egas, Eng.
• Melhoramento de Plantas e Sistemas de Sementes: Doutora Celsa Macandza, Enga.
•  Mudanças Climáticas em Sistemas Agrários: Prof. Doutor Luís João Artur, Eng.

Directores de Cursos de Doutoramento:

• Ciências Florestais: Doutor Mário Falcão, Eng.
• Agronomia: Prof. Doutor Tomás Chiconela, Eng.
• Gestão e Políticas Agroalimentares: Prof. Doutor João Mutondo, Eng.